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2021-01-14 07:30:00  2410370

宋明家.瞎子过疫河

微隐于学

终于来了!

1月11日,卫生总监诺希山在脸书贴文说,我国测试了968个RNA样本,24个被用来进行基因组测序(genome sequencing),其中一病例感染英国B.1.1.7新变种病毒,成为继新加坡12月24日宣布发现该变种病毒后,第二个出现这种病例的东南亚国家。

山哥的国文和英文版本贴文,其实有些出入;英文版的翻译令人混淆,部分媒体也错误报道为“采集968份样本检测,进行基因组测序”;星洲日报的报道则正确无误:“检测968个样本,对24个样本进行基因组序列测定”。

目前全球多数国家都有对新冠病毒进行基因组测序;本栏2020年12月31日的〈我寻,故病毒在〉一文,提到我国的病毒基因组测序率偏低(0.27%;低于全球平均率0.37%),导致政府在鉴定病毒变异和监测疫情传播上,面临一些困难。

东南亚其他国家,包括新加坡(2.64%)、泰国(9.18%)、越南(7.84%)的基因组测序率,都比我国高;甚至穷国如菲律宾,也在1月6日宣布Phillippine Genome Center新近测序了305个病毒RNA基因组,加上现有的30个,他们的基因组总数是335;我国目前则只有295个基因组(引Global Initiative on Sharing All Influenza Data 的GISAID数据库),加上病毒学和基因组学领域专家同侪们提供的最新数据,一共是341个基因组。

也就是说,菲律宾这个人均收入(GDP per capita)3102美元的穷邻居,在使用新冠病毒基因组测序以监测疫情这档事上,做得比马来西亚(人均GDP为11373美元)更为认真和努力。

以下几点,解释为什么病毒基因组测序很重要,以及为什么我们需要一个全国病毒基因组监测系统:

(1)及时探测到新变种:

英国为什么能检测出B.1.1.7新变种,主要归功于它的全国大规模基因组测序计划;如果不是英国人的认真和努力,全世界现在可能还被变种病毒“蒙在鼓里”,也可能还不明白为什么病例突然增加得那么快(虽然致死率并没有提高)。目前英国的测序率为5.02%(156461基因组除以3118518个确诊病例;引1月12日的GISAID数据);《纽约时报》1月6日的报道也说该国已有209038个基因组(部分数据尚未呈交GISAID),相等于6.7%测序率。

(2)统筹医疗人力和资源:

我国医疗资源有限,前线人力也不足;要做到妥善的资源管理和人力协调,以及未雨绸缪的协调工作,知“己”(能力在哪里)知“彼”(病毒有无变种?什么样的突变?出现在什么地方?)非常重要。

(3)监督病毒的演化途径:

有了基因组,科学家可以使用这些RNA资讯,来研究变种病毒的出现和演化、在我国的扩散途径、在什么地方开始出现、传播率如何等等,这些资讯都对政府的应对措施和政策设定很重要。

(4)研发出更快速的检测方法:

科学家可以研究更快捷、更便宜的检验方法,例如生物科技常用的“聚合酶链反应”(polymerase chain reaction)方法,可在短短两小时内,鉴定某病例是不是被变种病毒(如B.1.1.7)感染;这相对基因组测序和分析所需至少一天或一周以上的时间,是更省时、省力。

(5)观察病毒对现有疫苗的影响:

使用基因组的种种突变讯息,科学家可以制造出所需病毒株,以便“挑战”疫苗的有效性。最新的此类研究报告,是Pfizer和美国University of Texas Medical Branch联合团队1月7日在bioRxiv发表的初步数据(未经同侪评审),显示B.1.1.7变种的刺突S蛋白基因的N501Y变异(注1),并不会使Pfizer/BioNTech的mRNA疫苗失效。研究团队分别制造具有N501和Y501的病毒,施打在志愿者身上,结果发现该mRNA疫苗对变种病毒有防疫效果。该研究的弱点是只有区区20人的受试者,这在动辄数百至数千受试者的此类医学研究来说,是太少了;也就是说,这科学证据需要被深入研究以加强力度。

由于基因组测序经费昂贵(一个基因组花费约1000令吉),但和我国MCO期间的24亿令吉每日经济损失(引2020年4月25日网媒报道)比较,拨款数百万来提高测序率,真的很值得。

若卫生部联合全国各个研究型大学、研究机构、私立公司的实验室,一起成立“全国基因组测序”监督小组,就如让政府擦亮双眼,能对病毒变种的踪迹深入了解。

不了解变种病毒的踪迹,就无法让政府各个机构做好防疫工作。

就如瞎子过河 — 摸不着边、心里没底。

注1:N代表氨基酸“天冬酰胺”(Asparagine),Y为“酪氨酸”(Tyrosine);这变异发生在S蛋白的第501个氨基酸,从原本的N突变为Y,所以被称为“N501Y”。

作者 : 宋明家
文章来源 : 星洲日报 2021-01-14

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