新山新关卡从启用至今已有半年，当初对于新关卡的怨言已经大幅度减少。但这并不代表新关卡的诸多不便已经不存在，而是常常往返于两地的新山市民对于新关卡的诸多不便已经麻木。

至今为止，常常往返两地的民众，可能对于新关卡的海关人员配置感到好奇。许多地方的海关，在进入海关之前都有告示提醒人们记得携带自己的护照，但是并没有特别的海关人员在旁确定过关者都必须持有护照。很特别的是，新山新关卡不但有告示提醒，并且常年还有2个到4个海关人员要求人们出示护照，才允许进入海关。如此作法，是代表着新山海关人员配置不当，无法做到最有效的人力分配；还是新山海关人员过多？此外，曾经见到穿着便服的海关人员执行检查行李的任务，这也让人们质疑新山海关人员的严谨与可靠性。

另一方面，新山海关建筑的经费开支也是个有趣的问题。常常往返新山和新加坡两地的人可能对于许多被荒置的高架桥、桥墩、卡车海关设施等感到好奇。这些被荒置的建筑的作用是什么？如果当初的设置是为了日后使用，但是为何这些建筑却是完全孤立的呢？例如某段被荒置的大桥的末端竟然是一道墙，卡车海关设施完全不通于其他车道？如果荒废的原因是当初的设计错误，那么为何在设计蓝图阶段时没有修正这些错误，因此导致人力财力物力白白损失？

除此之外，许多小的建筑问题也值得关注。例如大多数厕所为何需要安装两扇门，并且材质是木头而非一般人们所用并且使用期限较长的塑胶门？新山海关的建筑设计方面不但有大而不当的问题，在许多小事物上也存在着胡乱使用马来西亚纳税人金钱的问题。

最后，最为令人感到不解的问题是新山关卡对于使用者不善的问题。从启用的一刻开始，人们对于过关时必须“爬山涉水”而有诸多不满，这些问题至今仍未见改善。此外，车道转弯之处太多，对于行车安全构成威胁；并且新山关卡内缺乏供残障人士使用的设施，对残障人士构成更多的不便。在诸多不友善的设施之中，其中最令人诟病的是从长堤到关卡这段路上缺乏人行走道，让许多使用公共交通的通勤人士无法在交通堵塞时步行到新山关卡。之前将会迅速解决此问题的保证至今仍然只是空言。

时至今日，仍然没有任何政界人士对新山关卡的诸多问题提出质疑，也未见有人确实去解决这些问题。同巴生港口自由区疑云一样，这都让人不禁怀疑，政府在兴建关卡时是否有好好规划，国会议员是否有履行监督之责？这些问题，相关人士如柔州国会议员与州议员等，须对人民解释。